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十七世纪，马尔皮基从没有孵育过的卵开始研究鸡胚的发育，观察了心脏和血管等器官的形成过程；格拉夫和斯瓦默丹详细地叙述了哺乳动物卵巢的滤泡——现在称为格拉夫氏泡。十八世纪，沃尔夫仔细研究了鸡胚的发育，正确地理解了肠管的形成。
十九世纪，贝尔精密地观察了鱼、两栖类、鸡哺乳类的胚胎，并且做了正确的概括。他研究了各类动物的早期发育，证实了潘德尔1817年提出的胚层学说，并根据观察到的事实提出了贝尔法则：认为各种脊椎动物的早期胚胎都很相似，随着发育的进展才逐渐出现不同类所独有的特征。例如脊椎动物共有的构造脊索和神经管在各类胚胎中均最先出现，彼此相似。现在一般认为贝尔是胚胎学的奠基人。
胚胎学在19世纪蓬勃发展的内因是众多门类动物，变化多端的胚胎发育历程吸引着人们去探索。外因是进化论问世后，促使人们从研究各类动物的胚胎发育中寻找进化学说的证据。
到十九世纪末，对所有常见类群的胚胎发育都作了详尽的叙述，还研究了一些稀少的、分类学上位置不太明确的动物——星虫、帚虫、缓行类等的胚胎发育。这些丰富的成果，使人们对整个动物界的胚胎发育有了比较全面的了解，对其他有关学科的发展产生了深刻的影响。
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